Le choc de la révolution de Ninja couvre les événements de l'arc de Chunin Exams jusqu'à la fin de l'arc de Search for Tsunade. Clash de Ninja Revolution utilise le même moteur de gameplay que Gekitō Ninja Taisen! EX. Le jeu utilise l'accessoire Nunchuk pour la télécommande Wii, pour les attaques de base et pour les attaques spéciales qui nécessitent des mouvements spécifiques des deux éléments. Le contrôleur Classic et le contrôleur GameCube sont également compatibles avec le jeu.