Le gameplay est très similaire aux jeux passés de Namco, comme MotoGP (PS2) et MotoGP 2 (PS2). MotoGP 3 est basé sur la saison de courses de motos du Grand Prix 2002 mais avec l'introduction de quatre motos, le gameplay a quelques légères différences. Les nouveaux vélos à 4 temps 990cc sont plus rapides, mais ont tendance à être un peu pratique tandis que les 2 temps de 500cc sont moins rapides mais légèrement mieux à manipuler.