Un jour, le personnage du joueur rencontre Dan Kuso, un des Brawlers de Bataille, qui lui apprend les règles dans une lutte contre Shuji. (vous obtenez un Serpenoid, un Juggernoid, et un Saurus qui correspondent à l'attribut que vous avez choisi au début du jeu). Après avoir visité le magasin local et rencontrer Alice, qui suggère au joueur de se battre avec d'autres brawlers dans le parc pour gagner BP (Bakugan Points, la monnaie du jeu) un étrange Bakugan appelé Leonidas tombe du ciel, qui est maintenant le nouveau meilleur ami du joueur. (L'attribut de Leonidas dépend de l'attribut que vous avez choisi). Leonidas est un Bakugan inconnu et agressif qui a été créé par toute la haine et la colère des Bakugan perdus piégés dans la dimension Doom. Dans plusieurs combats, le joueur rencontrera beaucoup de personnes mais en même temps un utilisateur de Darkus, dont le nom est Marduk, décide de dominer sur tout Bakugan avec Vladitor, un autre Bakougan qui apparaît soudainement. Juste après. Naga a obtenu le noyau silencieux, les sceaux qui ont retenu Vladitor captif dans la dimension du Doom ont soudain rompu et il s'est échappé de la dimension du Doom. A la fin d'un tournoi quand Dan fait le joueur un officiel Bakugan Battle Brawler, Marduk est révélé avoir allié avec Hal G, Masquerade et Naga pour vaincre les Brawlers de bataille et de gouverner sur les mondes et les Bakougan. Le joueur doit remporter le Tournoi de Bataille Ultime, en battant également Dan, Runo, Marucho, Julie, Shun, Masquerade, et un showdown 1-on-1 avec Omega Leonidas et Battle Axe Vladitor. Après que le joueur gagne, Vladitor et Leonidas disparaissent, disant qu'ils n'ont plus que peu de puissance après la bagarre. Plus tard, le joueur découvre que Vladitor a donné à Leonidas son pouvoir restant, disant qu'il le méritait, laissant Leonidas supposer que Vladitor « n'était pas tout mauvais ». Le jeu se termine avec le joueur jetant Leonidas dans l'air criant, "Bakugan brawl."!