Une version mise à jour de l'original Capcom vs. SNK intitulé Capcom vs. SNK Pro a été publié sur le matériel Arcade Sega NAOMI GD-ROM (2000,) Dreamcast (2001) et PlayStation (2002), ces derniers souffrant de légers temps de charge entre les rounds et les graphismes dégradés et le son en raison des limitations matérielles. Parmi les nouveaux ajouts, Joe Higashi (de Fatal Fury) et Dan Hibiki (de Street Fighter Alpha) ont fait de nouveaux mouvements pour les personnages existants et de nouveaux modes de jeu.