Rugal Bernstein est un trafiquant d'armes et de drogues incroyablement riche et notoire, ainsi qu'un combattant incroyablement qualifié et impitoyable. Ayant été ennuyée par le manque de concurrence, Rugal décide d'accueillir un nouveau tournoi King of Fighters. Rugal a son secrétaire voyage à huit destinations dans le monde et invite les combattants à son nouveau tournoi. Contrairement aux précédents tournois KOF représentés dans la série Fatal Fury, le nouveau King of Fighters est un tournoi d'équipe, avec huit équipes de trois, chacune représentant une nationalité différente, participant cette fois. La plupart des personnages viennent d'autres jeux SNK, comme Team Italy, qui est composé de trois héros de l'original Fatal Fury: Terry Bogard, Andy Bogard et Joe Higashi. Les deux héros de Art of Fighting (Ryo Sakazaki et Robert Garcia) sont présentés avec leur mentor et le père de Ryo (Takuma Sakazaki) forment l'équipe du Mexique. Team Corée Kim Kaphwan de Fatal Fury 2 en tant que leader de deux condamnés, il tente de réformer Chang Koehan et Choi Bounge, tandis que l'équipe Angleterre est un mélange de femmes combattants de Fatal Fury 2 (Mai Shiranui) et de la série Art of Fighting (Yuri Sakazaki, King.) Les deux héros de Psycho Soldier (Athena Asamiya et Sie Kensou) forment l'équipe Chine avec leur mentor, Chin Gentsai. De même, l'équipe brésilienne présente les héros d'Ikari Warriors (Ralf et Clark) ainsi que leur commandant Heidern. En outre, le jeu comprend deux équipes composées entièrement de caractères originaux: Équipe Japon avec Kyo Kusanagi, Benimaru Nikaido et Goro Daimon, et Équipe USA composée de Heavy D,! Lucky Glauber et Brian Battler.