Juste quand Mega Man X pensait qu'il avait fait tomber tous les X-Hunters, plusieurs mois plus tard un soulèvement se déplace dans une usine abandonnée. Alors que 8 nouveaux X-Hunters occupent Mega Man X, une triple menace pour ressusciter une arme secrète trop familière ! Le bon Dr Light fournit Mega man X avec de nouvelles capacités incroyables cachées dans des capsules enfouies en profondeur sous la surface. Et avec de nouveaux véhicules comme le cycle d'attaque mobile plus les pouvoirs qu'il gagne du X-Hunters, Mega Man X sera prêt à affronter son destin en tant que chasseur de Maverick. Maintenant c'est tout ou Zero pour Mega Man X !