Près de la fin de sa vie, le Dr Light réussit à créer la première d'une nouvelle série de robots qui changeront le monde. Able de penser et de prendre des décisions, ce nouveau robot présente un grand danger ainsi que de grandes possibilités. Craignant les conséquences possibles de la création sur le monde, le Dr Light décide de le sceller dans une capsule et de tester ses systèmes jusqu'à ce qu'ils soient totalement fiables. L'avenir devra décider de son destin. Libéré de la capsule par le Dr Cain, X est né dans le monde du futur où les rébellions robotiques sont une chose du passé. Mais quand le Dr Cain tente d'implémenter les dessins du Dr Light dans une nouvelle série de reploïdes, quelque chose va mal. Maintenant, l'avenir se trouve sur le bord de la destruction et un nouveau Méga Man doit émerger pour affronter Sigma et ses forces avant que la race humaine soit effacée de la planète!