Participez à l'aventure animée de Dreamwork en guidant Marty le zèbre, Alex le lion, Melman la girafe, Gloria l'hippopotame et ces pingouins furtifs alors qu'ils s'échappent du zoo de Central Park pour se retrouver dans les rues de New York, puis dans la jungle sauvage... euh, au zoo de San Diego. Le scénario est exactement le même que celui du film et chaque chapitre vous fera avancer dans l'histoire. Chaque chapitre aura différents objectifs. Un seul objectif spécifique par chapitre est nécessaire pour compléter le chapitre, donc vous pourrez toujours rejouer le chapitre plus tard pour essayer de compléter tous les objectifs. Chaque niveau vous obligera également à jouer avec un personnage différent et certains impliqueront tous les personnages. Chaque personnage a ses propres capacités uniques : Marty peut donner des coups de pied avec ses pattes arrière, se faufiler autour de ses ennemis, glisser et effectuer des sauts en longueur. Alex le lion peut lancer des fruits, utiliser ses griffes et rugir sur ses ennemis. Gloria peut culbuter, rebondir sur ses fesses et foncer sur ses ennemis. Et quand elle mange des piments, elle pourra charger ses ennemis. Melman peut tourner sur lui-même, lancer des objets sur ses ennemis et les assommer avec sa tête. Il peut également effectuer le mouvement de l'Hélicoptère qui lui permet de planer sur de longues distances. Enfin, le pingouin peut glisser, pêcher et attaquer avec un coup final (quelque chose comme un coup de karaté) pour vaincre ses ennemis. Tout au long du jeu, il y aura divers objets à collectionner, y compris des Tikis de Vie pour reconstituer votre jauge de santé et de l'Argent Singe qui vous permettra d'acheter des choses spéciales à la boutique de souvenirs du zoo comme des mini-jeux et des tenues spéciales pour le casting de Madagascar.