Tout au long d'Ace Combat 6, le joueur doit piloter un avion de chasse ou un autre aéronef pour détruire des ennemis dans les airs et au sol. En tant que jeu d'arcade de simulation de vol, il simplifie les commandes de vol et donne au joueur une grande quantité de balles, de missiles et d'autres armes, le mettant face à une très grande quantité de forces ennemies. En plus des missiles et d'un canon vulcain, le joueur peut équiper des armes spéciales telles que des missiles à tête chercheuse, des bombes, des lance-roquettes et d'autres. Le joueur peut verrouiller un certain nombre d'ennemis et aider différentes escouades tactiques en basculant entre leurs affichages tête haute respectifs. Le jeu inclut 4 modes multijoueurs par défaut : Battle Royale, Siege Battle, Team Battle et Co-Op Battle. Dans Battle Royale, le mode de jeu Deathmatch basique, jusqu'à seize joueurs se tirent dessus pour obtenir le plus de points à la fin du temps imparti. Dans Team Battle, un jeu de Team Deathmatch basique est créé. Les points sont attribués en fonction du type d'avion détruit. Type unique de jeu multijoueur, Siege Battle se joue avec deux équipes, Attaquante et Défendante. L'équipe Attequante tente de détruire l'objectif (généralement lourdement défendu par la DCA) dans le temps imparti. L'équipe Défendante essaie de stopper leur attaque. Le mode de combat coopératif se compose de deux missions en solo sans IA qui peuvent être jouées avec jusqu'à trois autres joueurs.