Après les événements de Batman: Arkham Asylum (2009), une section de la ville de Gotham a été transformée en prison, conçue pour garder la ordure de la ville loin du peuple. Bruce Wayne proteste contre cette prison, mais est bientôt kidnappé par l'indicable Hugo Strange, qui doit donc affronter les méchants les plus puissants de la ville comme le Batman tout en essayant de découvrir les plans de Strange.