Gerdy, un apprenti berger, se lance dans une quête pour sauver son père d'un sort maléfique. Son voyage le mène à travers une île de territoires divers, peuplée d'un assortiment de créatures sauvages, chacune faisant partie d'une chaîne alimentaire complexe interdépendante. Pour venger la némésie de son père et restaurer la bonté à l'île, Gerdy doit hone ses habiletés de troupeau et finalement rivaliser dans un tournoi pour devenir Maître Herder. Herdy Gerdy est principalement un jeu de plateforme avec des éléments de stratégie et de puzzle. Les niveaux impliquent Gerdy traversant des zones dangereuses avec des sauts temporels, évitant ou détruisant les obstacles. Cependant, une partie importante du gameplay est dédiée à la collecte de divers animaux, les conduisant sur un chemin sûr, de même que Lemmings. Chacun des animaux a son propre comportement et ses compétences (par exemple la natation), exigeant que le joueur utilise différentes tactiques pour les capturer.