L'histoire d'Invasion From Beyond est fondée sur l'âge d'or des thrillers de B-Movie science-fiction, et va comme cela: les travailleurs agricoles ont été enlevés et les crop circles ont été découverts dans les terres agricoles en dehors de Washington, D.C Les injures des habitants envers les peurs superstitieuses ("Slap an Alien") étaient une fête d'accueil pour les Martiens prêts à frapper. Vous êtes un lien terrestre pleinement qualifié et devez piloter votre navire pour arrêter l'invasion extraterrestre en manipulant la puissance de feu au sol de Earthlink Command et empêcher les aliens de prendre sur notre planète bien-aimée Terre. Le jeu dispose de plus de 30 missions d'action futuriste avec de nombreux niveaux secrets, navires et armes. Votre directive principale est de tuer toutes les forces aliens envahissantes. Cependant, chaque fois que Earthlink Command veut que vous remplissiez un objectif spécifique, vous serez avisé par une icône de communications clignotantes. Votre navire dispose d'un radar, d'une soute, de montures d'armes, d'un véhicule de visée et du Suck-O-Matic. Le Suck-O-Matic est un appareil expérimental utilisé pour téléporter et souffler des objets dans et hors de la soute de votre navire. C'est une partie essentielle pour la plupart des objectifs du jeu.