Star Wars Rebel Assault II: L'Empire caché est la suite des guerres des étoiles: Rebel Assault. Cette fois cependant, l'histoire n'est pas liée aux films originaux. L'histoire s'ouvre à proximité de la nébuleuse Dreighton, où Rookie One enquête sur les disparitions de Rebel vaisseaux spatiaux près de Dreighton, une région riche de mythologie sur la disparition de vaisseaux spatiaux. Rookie On répond à un appel de détresse venant d'un navire dans la nébuleuse. Une fois là, il découvre une présence impériale. À mesure que l'histoire progresse, il devient clair que l'Empire est en quelque sorte responsable d'au moins certaines des disparitions les plus récentes.