Dans la Finale R-Type, votre ennemi est le Bydo, une arme maléfique (et vivante) capable de se reproduire. L'humanité a combattu le Bydo quatre fois jusqu'ici, et chaque fois était victorieuse. Cependant, chaque fois que le Bydo apparaît, il est plus fort qu'avant, et maintenant il est de retour et vous devez le détruire à nouveau! Comme d'autres jeux dans la série R-Type, le jeu est un tireur de défilement où vous devez guider un vaisseau spatial à travers diverses étapes et détruire les nombreux ennemis (y compris les boss de très grande fin de niveau). Le jeu dispose d'une grande variété de vaisseaux spatiaux (plus de 100)! choisir, chacun avec des capacités variées. Quel que soit le navire que vous choisissez, vous commencez le jeu avec une puissance de feu limitée; vous pouvez tirer une arme de base, ou tenir un bouton pour recharger et tirer un éclat plus puissant. Des power ups occasionnels apparaîtront sur l'écran; collectez-les pour équiper votre navire d'armes supplémentaires, y compris une variété de lasers, missiles et autres objets utiles. En plus du jeu normal, un mode AI VS est également inclus. Dans ce mode, vous pouvez configurer un de vos combattants disponibles pour être contrôlé par l'ordinateur et ensuite le combattre pour voir qui gagne dans diverses batailles.