Beyond Good & Evil est un jeu d'action-aventure avec des éléments de résolution de puzzle et de jeux à base de furtivité. Le joueur contrôle le protagoniste, Jade, d'une perspective de troisième personne. Jade peut courir, se déplacer furtivement, sauter sur les obstacles et les fosses, les échelles de montée, pousser ou bash portes et objets, et s'aplatir contre les murs. Comme Jade, le joueur enquête sur un certain nombre d'installations à la recherche de la vérité sur une guerre avec une menace étrangère.