Deux ans après l'assaut de Helghast sur Vekta, l'ISA se bat pour le monde d'Helghan. L'objectif de l'ISA est direct : capturer le leader Helghast, l'empereur Visari, et mettre la machine de guerre Helghast à l'arrêt. En supposant le rôle de Sev, vétéran de combat et membre de l'équipe Alpha des Forces Spéciales, le joueur doit diriger un groupe de soldats hautement qualifiés dans une mission pour éliminer la menace de Helghast.