Covert Operations est un add-on pour Command & Conquer qui propose 15 nouvelles missions, de nouvelles pistes musicales et des cartes multijoueurs. Contrairement au jeu original, les missions de Covert Operations peuvent être jouées à tout moment et dans n'importe quel ordre, et ne sont pas accompagnées de coupures de pointage de mission. Il a ajouté deux nouvelles unités au jeu, et les nouvelles missions sont plus difficiles que celles de l'original. Le pack add-on comprend la bande son de la version DOS, qui comprend la musique absente de la version Windows 95 (ou Gold Edition). Covert Operations était à l'origine nécessaire pour déverrouiller des missions secrètes, qui ont ensuite été activées par un patch au jeu principal.