Le monde est en péril comme des forces, à la fois bonnes et mauvaises, font un jeu pour les puissants Chaos Emeralds. Dans Shadow the Hedgehog, vous pouvez contrôler Shadow et choisir quel côté pour combattre. Ce plate-forme 3D vous permet d'utiliser des armes, des véhicules, des objets environnementaux, et la manipulation du temps et de l'espace pour combattre vos ennemis. Bien qu'il s'agisse d'un jeu de plate-forme 3D comme avec les jeux Sonic Adventure les plus récents, les niveaux du jeu sont chacun jusqu'à trois missions différentes (Hero, Dark, Normal) que le joueur peut choisir de compléter. L'intrigue du jeu dépend de quelle mission est accomplie ainsi que des niveaux jouables ultérieurs. Le jeu étoiles Shadow the Hedgehog et sa quête pour récupérer sa mémoire, un but qu'il poursuit depuis ses débuts dans Sonic Adventure 2, alors qu'une race étrangère maléfique connue sous le nom de Black Arms envahit la planète.