Forbidden Siren 2 est le deuxième montage de la série Siren. Le jeu raconte l'histoire de plusieurs personnages qui deviennent piégés sur l'île de Yamijima, une île au large des côtes du Japon continental. Le 3 août 1976, un câble sous-marin a été coupé et toute la puissance de l'île a été perdue. Au cours de l'outillage qui a suivi, tous les insulaires ont disparu et l'île est devenue déserte. Vingt-neuf ans plus tard, en 2005, un rédacteur en chef de magazine, Mamoru Itsuki, visite l'île pour faire des recherches pour un article lorsque le ferry lui-même et un petit groupe d'autres passagers sont en capsize, après qu'il soit frappé par une vague de marée rouge. Peu de temps après son arrivée, un groupe de soldats s ' est écrasé sur l ' île après que leur hélicoptère ait des problèmes de moteur. Ils doivent tous trouver des moyens de survivre aux monstres de l'île, le shibito. Le jeu est joué à travers plusieurs perspectives de caractère, chacune avec ses propres forces et faiblesses, à travers une chronologie de chevauchement de la nuit fatidique qui alterne entre le présent et le passé. L'histoire peut se dérouler de différentes façons avec, dans de nombreux cas, deux ou plusieurs versions différentes d'un niveau, qui auront des objectifs légèrement différents que l'original. Si le joueur est minutieux et joue à travers ces versions optionnelles, l'histoire et les personnages peuvent se développer encore plus loin qu'avant.