Visari est parti, mais la guerre est loin d'être terminée. Les forces héritières ont monté une contre-attaque dévastatrice, incitant l'évacuation de la planète Helghan par l'ISS. Alors que de nouveaux bataillons de Helghast avec des armes plus puissantes apparaissent, l'ISA se découvre dépassé, outgunned et entouré. Le joueur reprend le rôle de Sev, membre survivant de l'unité des Forces Spéciales Alpha Squad, qui doit lutter contre les forces ennemies vindicatrices et sans merci dans une tentative désespérée d'échapper à Helghan vivant.